İçerik
Genomik test, genlerinizden daha fazlasına değil, genlerinizin etkileşime girme yollarına ve bu etkileşimlerin sağlığınız için ne anlama geldiğine bakan bir test türüdür.Genomik test genellikle genetik test ile karıştırılır. Temel fark, genetik testlerin tek bir gen mutasyonunu (meme ve yumurtalık kanseriyle ilişkili BRCA1 ve BRCA2 mutasyonları gibi) tespit etmek için tasarlanmış olması, genomik testlerin ise tüm genlerinize bakmasıdır.
Genomik testler, genlerinizin nasıl sıralandığı ve birbirlerini nasıl etkilediği dahil olmak üzere genetik yapınıza daha geniş bir bakış açısıyla baktığınızda, vücudunuzun moleküler düzeyde nasıl çalıştığı ve bunun hastalık riski, ilerleme veya tekrarlama.
Genomik test, bir tümörün nasıl davranacağını belirlemek için kanser tedavisinde yaygın olarak kullanılır. Bu, doktorların kanserinizin ne kadar agresif olacağını ve vücudun diğer bölgelerine yayılma (metastaz yapma) olasılığının olup olmadığını tahmin etmelerine yardımcı olabilir.
Genomik test, tedavileri, ürünleri ve uygulamaları kişiye göre özelleştirmeyi amaçlayan kişiselleştirilmiş tıbbın geliştirilmesinde merkezi bir araçtır.
Genetik ve Genomik
Genetik ve genomiklerin her ikisi de genlerle ilişkilendirilirken, tamamen farklı amaçları ve uygulamaları vardır.
Genetik
Genetik, genlerin bir birey üzerindeki etkilerinin incelenmesidir. Genler, proteinlerin nasıl yapılacağına dair vücuda talimatlar sağlar; proteinler ise vücuttaki her bir hücrenin yapısını ve işlevini belirler.Genler, "bazlar" adı verilen bir dizi halinde düzenlenen ve DNA adı verilen yapı taşlarından oluşur. Bazların sırası veya sıralaması hangi talimatların ne zaman gönderileceğini belirleyecektir.
Pek çok gen belirli proteinleri üretmek için kodlanırken, diğer kodlanmamış genler proteinlerin nasıl ve ne zaman üretileceğini düzenler (esasen belirli genleri açıp kapatır). Bir genin çalışma şeklindeki herhangi bir sapma, hangi proteinlerin etkilendiğine bağlı olarak belirli hastalıkların riskini etkileyebilir.
Bazı durumlarda, tek bir gen mutasyonu kistik fibroz, kas distrofisi ve orak hücre hastalığı gibi hastalıklara neden olabilir.
Genetik testler, bir teşhisi doğrulamak, gelecekteki riski tahmin etmek veya bir taşıyıcı olup olmadığınızı belirlemek için ebeveynlerinizden miras almış olabileceğiniz herhangi bir genetik mutasyonu arayabilir.
Genomik
Genomik, tüm genler de dahil olmak üzere tüm DNA setinin yapısı, işlevi, eşlemesi ve evrimi üzerine yapılan çalışmadır. Genetik materyal artı tüm dizilere genetik şifre. Genomik biliminin amacı, aşağıdakileri yapmak için bir genomun işlevini ve yapısını analiz etmektir:
- Kardiyovasküler sistem ve endokrin (hormon) sistemi gibi karmaşık biyolojik sistemlerin birbirlerini nasıl etkilediğini anlayın
- Genetik etkileşimler normal biyolojik işlevlere müdahale ederse hangi sorunların ortaya çıkabileceğini tahmin edin
Sonuç olarak, insan genomunda 20.000 ila 25.000 farklı protein kodlayan gen ve kabaca 2.000 kodlanmamış düzenleyici gen vardır.
Genom bilimi önemlidir çünkü bazı insanların neden bazı hastalıklara genetik olarak yatkın olduğunu anlamamıza yardımcı olur (belirli genlerin nasıl etkileşime girdiğini anlamasak bile). Genomik, tek bir genetik yolu tanımlamak yerine, kanser veya diyabet gibi bir hastalığın gelişimini ve / veya tedavisini etkileyen çok sayıda genetik değişkeni değerlendirir.
Genetiğin aksine, genomik kalıtsal mutasyonlarla sınırlı değildir. Genetik yapınızın bir hastalığın seyrini nasıl etkilediğini ve tersine çevrenin, yaşam tarzının ve ilaç tedavilerinin bu seyri değiştiren mutasyonları nasıl tetikleyebileceğini tanımlar.
Bu sürekli değişen değişkenleri anlayarak, doktorlar tedavide daha bilinçli seçimler yapabilirler, genellikle öncelikli olarak.
Genomik Testin Rolü
Genomik test, 1990'dan 2003'e kadar işbirliğine dayalı İnsan Genom Projesi ile başlayan bir süreç olan insan genomuna ilişkin mevcut anlayışımıza dayanmaktadır.
Geçen yıllarda bilim insanları, hangi genetik anomalilerin yalnızca bir hastalığın gelişimini değil, aynı zamanda hastalığın özelliklerini de ifade ettiğini giderek daha fazla belirleyebildiler. Bunu yapmak, bazı insanların neden daha agresif kanser türleri geliştirdiklerine, HIV ile daha uzun yaşadıklarına veya belirli kemoterapi türlerine yanıt veremediklerine dair fikir verdi.
Genetik testler şüpheli bir genetik durumu doğrulayabilir veya ortadan kaldırabilirken, genomik bize şunları sağlayarak testi bir adım daha ileri götürür:
- Risk belirteçleri hastalıkları taramak için
- Prognostik belirteçler bir hastalığın ne kadar hızlı ilerleyeceğini, tekrarlama olasılığını ve bir hastalığın olası sonucunu tahmin etmek
- Tahmine dayalı işaretçiler tedavi seçeneklerini yönlendirmek ve toksisiteyi önlemek için
- Yanıt belirteçleri çeşitli tedavilerin etkinliğini belirlemek için
Genom bilimi, diğer tüm faktörlerden bağımsız olarak genetik yapımızın sonuçlarına odaklanırken, tek başına kullanılmaz.
Kişiselleştirilmiş tıbba doğru büyüyen hareket, genel olarak hastalıklara yaklaşımımızı değiştiriyor. Her kişiye uyan tek bir çözümden ziyade, kişiselleştirilmiş tıp, her birey için daha özel bir çözüm sunmak için genetik, çevre ve yaşam tarzındaki yüksek değişkenliği hesaba katar.
Test Nasıl Çalışır?
Genomik testler, tipik olarak, genetik "sıcak noktalar" (mutasyonun iyi kurulmuş bölgeleri) analizinden tam gen dizilemesine kadar değişen, hedeflenen genlerin bir paneli olarak sunulur. Testler tipik olarak 1988 tarihli Klinik Laboratuar İyileştirme Değişiklikleri (CLIA) kapsamında sertifikalandırılmış özel bir laboratuvarda gerçekleştirilir. Bugün, Amerika Birleşik Devletleri'nde 500'ün üzerinde CLIA sertifikalı genetik laboratuvarı bulunmaktadır.
Çoğu test bir kan veya tükürük numunesi veya yanağınızın iç kısmından (bukkal smear olarak bilinir) bir çubuk gerektirir. Testin amacına bağlı olarak, yalnızca birkaç damla kan veya birkaç flakon gerektirebilir. Kanserli kişiler için bir tümör veya kemik iliği biyopsisine ihtiyaç duyulabilir.
Numune alındıktan sonra, sonuçların alınması genellikle bir ila dört hafta sürer. Tedavi edilen duruma bağlı olarak, testin sınırlamalarını ve sonuçların ne anlama geldiğini ve ne anlama gelmediğini anlamanıza yardımcı olmak için bir genetik danışman hazır olabilir.
Yeni nesil sıralama
Yeni nesil dizileme (NGS), genomik testler için birincil araçtır. "Okumalar" adı verilen milyonlarca kısa DNA segmentinin genetik dizisini tanımlamak ve değerlendirmek için kullanılır. Okumalar daha sonra hangi genetik varyasyonların (varyantların) mevcut olduğunu ve ne anlama geldiklerini belirlemek için eksiksiz bir dizide birleştirilir.
NGS son derece esnektir ve kalıtsal bir meme kanseri paneli gibi yalnızca birkaç geni veya nadir hastalıkları taramak için tipik olarak araştırma amacıyla kullanılan tüm genomu sıralamak için kullanılabilir.
Çoğu varyantın insan sağlığı üzerinde çok az etkisi olduğu veya hiç etkisi olmadığı için, tıbbi olarak anlamlı olan birkaçını belirlemek için filtrelenecekler. Bu varyantlar daha sonra aşağıdakilerden beş puanlık bir ölçekte puanlanacaktır:
- İyi huylu (hastalığa neden olmayan)
- Muhtemelen iyi huylu
- Belirsiz
- Muhtemelen patojenik (hastalığa neden olan)
- Patojenik
Çoğu laboratuvar patojenik ve olası patojenik bulguları rapor ederken, bazıları ayrıca belirsiz, muhtemelen iyi huylu ve iyi huylu bulguları da içerecektir. Sertifikalı bir genetikçiden bir yorum da dahil edilecektir.
Birincil ve İkincil Sonuçlar
Şüpheli bir durumla doğrudan ilgili sonuçlar birincil sonuçlara atıfta bulunurken, tıbbi açıdan anlamlı ancak ilgisiz olanlara ikincil (veya tesadüfi) sonuçlar denir.
İkincil bulgular genellikle ilgilidir ve bir kişinin gelecekteki bir hastalığa, taşıyıcı durumuna veya farmakogenetik bulgulara (vücudunuzun belirli bir ilacı nasıl işlediği) ilişkin genetik riskini ortaya çıkarabilir. Bazı durumlarda, hangi varyantların paylaşıldığını ve hangilerinin olduğunu belirlemeye yardımcı olmak için ebeveynleriniz üzerinde de testler yapılabilir. de novo (kalıtsal değil).
Kanserde Genomik Test
Genomik testlerin gelişimi, hedeflenen kanser tedavilerinin yükselişi ile az çok ortaya çıktı. Bilim adamları, belirli genetik varyantların normal hücreleri kanserli hücrelere nasıl dönüştürdüğünü anlamaya başladıkça, belirli varyantları taramak ve bu genleri hedef alan ilaçlar geliştirmek için testler geliştirebildiler.
Günümüzde genomik testler, meme kanseri ve akciğer kanseri de dahil olmak üzere birçok farklı kanser türünün tedavisi ve yönetiminin giderek daha ayrılmaz bir parçası haline geldi.
Genetik testler bir kişinin kanser riskini belirlemeye yardımcı olabilirken, genomik testler, hastalığın özelliğiyle ilişkili genetik belirteçleri belirlememize yardımcı olur. Bir tümörün ne kadar hızlı büyüyeceği ve metastaz yapma olasılığı da dahil olmak üzere olası davranışını tahmin etmemizi sağlar.
Bu, bir tümörün hücrelerinin hızlı mutasyona eğilimli olduğu göz önüne alındığında önemlidir. Bir tümörün yükselmesinden tek bir genetik varyant sorumlu olsa bile, hastalığın kendisi birçok farklı yol alabilir, bazıları agresif ve diğerleri değil. Genetik bir test, maligniteyi tanımlamaya yardımcı olabilirken, genomik bir test, onu tedavi etmenin en etkili yollarını belirleyebilir.
Dahası, bir tümör aniden mutasyona uğrarsa, genomik bir test, mutasyonun hedeflenen tedaviye açık olup olmadığını tespit edebilir. Böyle bir örnek, erken evre HER2-pozitif meme kanserini hedef almak ve tedavi etmek için kullanılan ilaç Nerlynx'tir (neratinib).
Meme Kanserinde Genetik ve Genomik Testlerin Karşılaştırılması
GenetikBazı hastalıklarla ilişkili olanlar dahil, kalıtsal genetik özelliklerin incelenmesi
Genetik, ebeveynlerinizden kanser alma riskinizi belirler
BRCA1 ve BRCA2 testi, meme veya yumurtalık kanserine yakalanma riskinizi tahmin edebilir
Göğüs kanseri riskinizi öğrendikten sonra, riskinizi aktif olarak azaltmak için adımlar atabilirsiniz.
Bazı hastalıklardaki rolleri de dahil olmak üzere genomdaki genlerin aktivitesi ve etkileşimi üzerine çalışma
Kanseriniz olduğunda, genomik tümörün nasıl davranacağını belirler.
Oncotype DX ve PAM50 meme kanseri testleri, bir tümörün profilini çıkarmak ve kemoterapiye nasıl yanıt vereceğinizi tahmin etmek için kullanılır.
Genomik testin sonuçlarına göre siz ve doktorunuz ameliyattan sonra hangi tedavi seçeneklerinin en uygun olduğuna karar verebilirsiniz.
Ev Genomik Test
Evde genomik testler, büyük ölçüde 2007'de doğrudan tüketiciye 23andMe ev genetik kitinin piyasaya sürülmesiyle başlayarak, günlük hayatımıza çoktan sızdı.
AncestryDNA ve National Geographic Geno 2.0 testleri gibi bazı evde yapılan genetik testler yalnızca bir kişinin soyunun izini sürmek için tasarlanmışken, 23andMe tüketicilere belirli genetik sağlık bozuklukları riskini belirleme şansı sundu.
Zorluklarla dolu bir iş modelidir. 2010 yılında, ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA), 23andMe'ye ve diğer sağlıkla ilgili evde genetik test üreticilerine, düzenleyicinin federal yasa uyarınca "tıbbi cihazlar" olarak kabul ettiği cihazların satışını durdurmalarını emretti.
Nisan 2016'da, FDA ile yıllarca süren görüşmelerin ardından, 23andMe'ye, bir kişinin aşağıdaki 10 hastalığa yatkınlığı hakkında bilgi sağlayabilen Kişisel Genom Hizmeti Genetik Sağlık Riski testini serbest bırakma hakkı verildi:
- Alfa-1 antitripsin eksikliği (akciğer ve karaciğer hastalığına bağlı genetik bir bozukluk)
- Çölyak hastalığı
- Erken başlangıçlı birincil distoni (istemsiz hareket bozukluğu)
- Faktör XI eksikliği (bir kan pıhtılaşma bozukluğu)
- Gaucher hastalığı tip 1
- Glikoz-6-fosfat dehidrojenaz eksikliği (kırmızı kan hücresi bozukluğu)
- Kalıtsal hemokromatoz (aşırı demir yükü bozukluğu)
- Kalıtsal trombofili (bir kan pıhtılaşma bozukluğu)
- Geç başlangıçlı Alzheimer hastalığı
- Parkinson hastalığı
Tükürük bazlı testler, doktorlar tarafından kullanılanlarla aynı doğruluk seviyesini sunar.
Bu ürünlerin avantajlarına rağmen, bazı savunucular arasında, bir tüketicinin izni olmadan genetik bilginin paylaşılması durumunda potansiyel ayrımcılık riskine ilişkin endişeler devam etmektedir. Bazıları, ilaç devi GlaxoSmithKline'ın (GSK) zaten 23andMe'de bir yatırımcı olduğuna ve beş milyondan fazla müşterinin test sonuçlarını yeni farmasötik ilaçlar tasarlamak için kullanmayı planladığına işaret ediyor.
Eleştiriye karşı koymak için 23andMe, FDA'ya sonuçların "kimlik bilgilerinin kaldırılacağını", yani tüketicinin kimliğinin ve bilgilerinin GSK ile paylaşılmayacağını tavsiye etti.